Перед началом Великой Отечественной войны в СССР имелось 16 военных округов и один фронт, а именно:

• Архангельский военный округ (АрхВО);
• Ленинградский военный округ (ЛВО);
• Прибалтийский Особый военный округ (ПрибОВО);
• Западный Особый военный округ (ЗапОВО);
• Киевский Особый военный округ (КОВО);
• Одесский военный округ (ОдВО);
• Московский военный округ (МВО);
• Орловский военный округ (ОрВО);
• Харьковский военный округ (ХВО);
• Северокавказский военный округ (СКВО);
• Закавказский военный округ (ЗакВО);
• Приволжский военный округ (ПриВО);
• Уральский военный округ (УрВО);
• Среднеазиатский военный округ (САВО);
• Сибирский военный округ (СибВО);
• Забайкальский военный округ (ЗабВО);
• Дальневосточный фронт (ДВФ).

Через пять месяцев военных действий из-за потери своей территории прекратили свое существование 7 военных округов. С 1 декабря 1941 г. территориальный состав округов Европейской части Союза ССР изменился:

• Архангельский военный округ
• Московский военный округ
• Приволжский военный округ
• Сталинградский военный округ
• Уральский военный округ
• Южно-Уральский военный округ
• Северо-Кавказский военный округ
• Закавказский фронт
• Среднеазиатский военный округ

В 1942 г. прекратили своё существование три военных округа: Сталинградский, Северо-Кавказский и Закавказский (развернуты во фронты).

В течение 1943 г. на освобожденных территориях восстанавливаются военные округа:

• В апреле 1943 г. был образован Степной военный округ.
• В июле 1943 г. Северо-Кавказский военный округ.
• Вновь Орловский ВО образован 21 августа 1943 года, но в июле 1945 г. расформирован.
• 25 сентября 1943 был воссоздан Харьковский ВО.
• 15 октября 1943 г. Киевский военный округ вновь был восстановлен. Управление — в Чернигове, а с 1944 в Киеве.
• 15 октября 1943 г. был вновь образован Белорусский военный округ. Управление округа было сформировано на базе управления Московской зоны обороны и первоначально дислоцировалось в Москве, с ноября 1943 — в Смоленске, с августа 1944 — в Минске. Территория округа включала Смоленскую область и, по мере продвижения советских войск на запад, территорию освобождаемых областей Белорусской СССР. В июле 1944 года в состав округа была временно включена территория Литовской ССР. Приказом Наркома обороны СССР от 18 декабря 1944 года Белорусский военный округ с 1 января 1945 года переименовывается в Белорусско-Литовский военный округ, при этом территория Смоленской области передаётся в состав Московского военного округа.
• Прибалтийский военный округ 2-го формирования сформирован согласно директиве Генерального штаба Красной Армии от 30 октября 1943, причём в этот момент территория округа (Литовская, Латвийская, и Эстонская ССР) были оккупированы германскими войсками. Управление округа находилось в г. Вышний Волочёк. Округ был расформирован 23 марта 1944.
• 23 марта 1944 года Одесский военный округ вновь был восстановлен (без Днепропетровской и Запорожской областей, но с Херсонской областью). Место дислокации штаба — г. Кировоград, с октября 1944 года — г. Одесса.

После окончания Великой Отечественной войны, 9 июля 1945 г. вышел приказ Наркома обороны СССР № 0139 «Об организации новых округов и изменении границ существующих военных округов». По нему фронты были расформированы, организованы новые военные округа (группы войск) и изменены границы существующих. В июле - октябре 1945 г. дополнительно к имевшимся 14-ти округам было создано еще девятнадцать округов и четыре группы войск. В приказе были определены следующие военные округа:

• Московский военный округ
• Ленинградский военный округ
• Беломорский военный округ (до этого именовался Архангельский ВО, затем Беломорский ВО переименован в Северный ВО)
• Смоленский военный округ
• Воронежский военный округ
• Горьковский военный округ
• Казанский военный округ
• Донской военный округ
• Ставропольский военный округ
• Кубанский военный округ
• Приволжский военный округ
• Уральский военный округ
• Южно-Уральский военный округ
• Западно-Сибирский военный округ
• Восточно-Сибирский военный округ
• Киевский военный округ
• Харьковский военный округ
• Одесский военный округ
• Таврический военный округ
• Прикарпатский военный округ
• Львовский военный округ
  
• Минский военный округ
• Барановичский военный округ
• Прибалтийский военный округ
• Особый военный округ
• Тбилисский военный округ
• Бакинский военный округ
• Степной военный округ
• Туркестанский военный округ

После окончания войны с Японией в сентябре 1945 г. фронты Дальневосточного театра военных действий также были преобразованы в военные округа: Забайкальско-Амурский, Дальневосточный и Приморский.

Преобразование фронтов в военные округа было завершено к 1 октября 1945 г. В период с осени 1945 г. по осень 1948 г. по демобилизации страны количество военных округов было резко сокращено.